Na początku 1939 r. Niemcy i Polska zobowiązane były do wzajemnej nieagresji w myśl deklaracji podpisanej 26.01.1934 r. Anschluss Austrii oraz aneksja Sudetów na mocy układu monachijskiego z 30.09.1938 r. zachęciły jednak Hitlera do tego, by domagać się od Polski oddania "korytarza pomorskiego" oraz zgody na włączenie Wolnego Miasta Gdańska do Trzeciej Rzeszy. Po raz pierwszy żądania te przedstawił minister spraw zagranicznych Niemiec, Joachim von Ribbentrop w rozmowie z ambasadorem polskim Józefem Lipskim 24.10.1938 r., a powtórzył je podczas wizyty w Warszawie 6.01.1939 r. Władze polskie odrzuciły je, zdając sobie sprawę z tego, że może to oznaczać zbrojną konfrontację z Trzecią Rzeszą. Zamiast na Polskę Hitler uderzył w połowie marca 1939 r. na Czechosłowację, doprowadzając do ostatecznego rozbioru tego kraju, ale także mobilizując Wielka Brytanię i Francję do reakcji. Pod koniec marca Londyn udzielił Polsce gwarancji niepodległości, a w tydzień później to samo uczynił Paryż. W odpowiedzi na to 28.04.1939 r. Hitler wygłosił w Reichstagu mowę, w której nakreślił plany uzyskania dla Niemiec większej "przestrzeni życiowej", ponowił żądania wobec Polski oraz uznał deklarację niemiecko-polską z 1934 r. za "jednostronnie pogwałconą przez Polskę i przez to nieobowiązującą".

Udzieliwszy gwarancji Polsce, Wielka Brytania i Francja pragnęły wciągnąć ZSRR do współpracy w obronie terytorialnego status quo w Europie. W tym celu w maju 1939 r. rozpoczęto brytyjsko-francusko-radziecką wymianę opinii, która zmieniła się w trójstronne negocjacje w Moskwie. Na początku maja radziecki wiceminister spraw zagranicznych, Władimir Potiomkin usłyszał od szefa polskiej dyplomacji, Józefa Becka, że Polska nie przystąpi do żadnej koalicji skierowanej przeciw ZSRR. Niezależnie od jawnych rokowań brytyjsko-francusko-radzieckich doszło jednak już wówczas do poufnych rozmów między przedstawicielami Trzeciej Rzeszy i ZSRR na temat normalizacji wzajemnych stosunków.

24.07.1939 r. w Moskwie został podpisany trójstronny układ o wzajemnej pomocy, również w przypadku agresji przeciw państwu, którego jedna ze stron zobowiązała się bronić. Układ miał wejść w życie dopiero po uzgodnieniu porozumienia wojskowego między stronami, ale stanowił znakomity środek nacisku na Hitlera ze strony Stalina. Kiedy 11 sierpnia rozpoczęły się brytyjsko-francusko-radzieckie negocjacje wojskowe, Stalin miał już w ręku propozycję daleko idącej współpracy ze strony Hitlera, toteż zawiesił rozmowy, by móc ocenić, która z ofert jest korzystniejsza dla ZSRR. Wielka Brytania i Francja oferowały pokój i stabilizację w Europie. Trzecia Rzesza zapewniała natomiast podział stref wpływów w Europie Środkowej, a więc zdobycze terytorialne dla ZSRR. Drogą do tego celu była zgoda na niemiecką agresję na Polskę. Stalin wybrał wojnę, do której parł Hitler. 19 sierpnia radziecki dyktator zgodził się na wizytę Ribbentropa w Moskwie pod warunkiem uzgodnienia stref wpływów. Wiadomość tę Hitler przyjął wybuchem histerycznej radości, waląc pięściami w ścianę i krzycząc: "Teraz mam świat w kieszeni". Droga do niemieckiego najazdu na Polskę stała otworem.

23.08.1939 r. Ribbentrop i radziecki minister spraw zagranicznych, Wiaczesław Mołotow podpisali w obecności Stalina słynny pakt o nieagresji, który był faktycznie sojuszem skierowanym przeciw Polsce, państwom bałtyckim i Rumunii. Zawierał bowiem tajny protokół dodatkowy, w którym stwierdzono: "na wypadek terytorialno-politycznego przekształcenia terytoriów należących do państwa polskiego sfery interesów Niemiec i ZSRR będą rozgraniczone w przybliżeniu przez linię Narew-Wisła-San". Do układu dołączono mapę, na której zaznaczono dokładny przebieg nowej linii granicznej między Trzecią Rzeszą i ZSRR. W ten sposób Stalin zrywał rozmowy z Wielką Brytanią i Francją, a Hitler uzyskiwał wolną rękę do ataku na Polskę.

1.09.1939 r. armia niemiecka uderzyła na Polskę. Choć dwa dni później Wielka Brytania i Francja wypowiedziały wojnę Niemcom, w praktyce pozostawiły Polskę na pastwę losu. 12 września premierzy obu państw, Neville Chamberlain i Eduard Daladier, uzgodnili w Abbeville, że nie udzielą pomocy Polsce. 16 września wojska niemieckie zamykały "wielkie kleszcze" na rzece Bug. Opór Polski wydawał się beznadziejny, choć mógł potrwać jeszcze jakiś czas. Następnego dnia rankiem do Polski wkroczyły od wschodu potężne siły Armii Czerwonej. Atakując Polskę, Kreml pogwałcił cztery obowiązujące go układy międzynarodowe: traktat graniczny polsko-radziecki z 1921 r., układ o nieagresji z 1934 r., protokół Litwinowa z 1929 r. oraz londyńską konwencję z 1933 r. o definicji agresji. 28 września skapitulowała Warszawa, a na początku października rozegrały się ostatnie bitwy tej kampanii. Polska padła pod ciosami dwóch sprzymierzonych ze sobą państw totalitarnych: hitlerowskiej Trzeciej Rzeszy i stalinowskiego ZSRR. Agresja na Polskę miała charakter totalny ze względu na częste przypadki gwałcenia przez obydwu agresorów norm międzynarodowych dotyczących traktowania jeńców i ludności cywilnej w trakcie działań wojennych, a także na ludobójcze praktyki w okresie okupacji ziem polskich.

Jeszcze podczas działań wojennych przeciw Polsce, 28.09.1939 r. Ribbentrop i Mołotow podpisali drugi układ "O granicach i przyjaźni", który przewidywał przesunięcie linii granicznej między Niemcami i ZSRR na linię Bugu i włączenie Litwy do strefy wpływów radzieckich. Po upadku Drugiej Rzeczpospolitej po niemieckiej stronie granicy znalazło się 48,6% jej obszaru i około 20,4 mln ludności, w tym zaledwie 6,4% Niemców, po stronie radzieckiej zaś - 50% terytorium i około 14,3 mln ludności, z czego około 6,0 mln, czyli 42% stanowili Polacy. Na terenie zajętym początkowo przez Litwę, obejmującym około 1,4% obszaru Polski przedwrześniowej, znajdowało się około 0,5 mln osób, w tym około 2/3 Polaków. Po wkroczeniu Armii Czerwonej na Litwę w lipcu 1940 r. i ten obszar wszedł w skład ZSRR.

Obaj okupanci przystąpili do reorganizacji administracji na podbitych terenach. Władze hitlerowskie nie potraktowały zagarniętych ziem polskich jednolicie. Znaczną ich część włączono do Rzeszy na mocy dekretu z 8.10.1939 r. Dotyczyło to województw poznańskiego, pomorskiego, śląskiego, 3/4 województwa łódzkiego z Łodzią, połowy warszawskiego oraz kilku powiatów kieleckiego i krakowskiego. Przy ustalaniu podziału kierowano się głównie wartością ekonomiczną danego obszaru. Z pozostałych ziem podbitych na zachód od Bugu okupanci niemieccy stworzyli 12.10.1939 r. "Generalne Gubernatorstwo dla zajętych obszarów polskich". Na czele administracji cywilnej GG stanął Hans Frank. Tereny włączone do Rzeszy pod koniec października 1939 r. przeszły pod władzę gauleiterów według podziału administracyjnego Niemiec hitlerowskich. Z terenów tych utworzono dwa nowe okręgi: Gdańsk-Prusy Zachodnie (Reichsgau Danzig-Westpreußen) oraz Kraj Warty (Reichsgau Wartheland / Warthegau). Resztę ziem wcielonych włączono bądź do prowincji śląskiej (Oberschlesien), bądź do Prus Wschodnich.

Hitler i Stalin byli pewni, że rozbiór Polski pozostanie trwałym efektem wzajemnego porozumienia, i na tej podstawie formułowali zasady swej polityki wobec ziem polskich. W proklamacji z 26.10.1939 r. Frank oświadczył, że "oddziały armii niemieckiej przywróciły porządek na ziemiach polskich. Ponowne zagrożenie pokoju europejskiego nieuzasadnionymi żądaniami tworu państwowego, który powstał ongiś z wersalskiego traktatu przemocy i nigdy nie będzie odnowiony, zostało tym razem raz na zawsze usunięte". Było to echo słów samego Hitlera, który stwierdził, że "Polska z traktatu wersalskiego nigdy nie powstanie. Zaręczyły za to dwa największe państwa na świecie". Niemal identyczne stanowisko zajął radziecki komisarz spraw zagranicznych, Wiaczesław Mołotow w mowie wygłoszonej 31.10.1939 r. na posiedzeniu Rady Najwyższej ZSRR: "Wystarczyło krótkie natarcie najpierw wojsk niemieckich, a następnie Armii Czerwonej, by nic nie pozostało po tym bękarcie traktatu wersalskiego, żyjącym z ucisku niepolskich narodowości. Tradycyjna polityka pozbawionego zasad lawirowania i gry między Niemcami i ZSRR okazała się zawodna i zbankrutowała całkowicie".

Mimo niedawnej wrogości między Trzecią Rzeszą i ZSRR charakterystyczna okazała się łatwość, z jaką nagięto ideologiczne tezy propagandy do nowej rzeczywistości. W apelu Komitetu Wykonawczego Kominternu z 7.11.1939 r., ogłoszonego na 22. rocznicę rewolucji bolszewickiej, aprobowano sojusz radziecko-niemiecki jako przykład współpracy państw "socjalistycznych" przeciw imperializmowi anglo-francuskiemu. Podobna wykładnia historii obowiązywała cały ruch komunistyczny na świecie.

Plany niemieckie przewidywały odmienne potraktowanie ziem przyłączonych do Rzeszy i obszaru Generalnego Gubernatorstwa. Tereny wcielone miały być forsownie germanizowane już podczas wojny, a proces ten zakończyć się miał w ciągu 10 lat całkowitym zatarciem polskości tych ziem. Ludność polska miała z nich zostać usunięta, zaś jej miejsce mieli zająć koloniści niemieccy. GG traktowano do 1941 r. jako obszar zamieszkiwany głównie przez Polaków. W myśl wytycznych Hitlera z 17.10.1939 r. nie włączone do Rzeszy ziemie polskie miały pozostać kolonią Niemiec, a Polacy winni się stać niewolnikami "światowego państwa wielkoniemieckiego", masą niewykwalifikowanych robotników utrzymywanych na możliwie niskim poziomie kulturalnym i materialnym oraz w bezwzględnym posłuszeństwie wobec niemieckich "panów".

Masowe wysiedlenia ludności polskiej z terenów wcielonych do Rzeszy władze hitlerowskie zapoczątkowały tuż po zakończeniu działań wojennych, np. w Gdyni - 10 października, a w Poznaniu - z początkiem listopada 1939 r. Część wysiedlonych kierowano na roboty do Niemiec, resztę do GG. Wysiedleńców przetrzymywano niejednokrotnie w obozach przejściowych, takich jak Konstantynów pod Łodzią. Niektórzy zagrożeni represjami Polacy przedostawali się do GG przez zieloną granicę. Niemcy starali się usuwać z ziem przyłączonych do Rzeszy przede wszystkim ziemian, inteligencję, bogatsze mieszczaństwo i chłopstwo, wśród których było wielu działaczy zasłużonych w walce o niepodległość Polski. Sposób przeprowadzania deportacji powodował, że większa część majątku osób usuwanych trafiała w ręce niemieckie. O terminie wyjazdu informowano bowiem w ostatniej chwili, a wywożeni mogli zabrać ze sobą tylko niewielki bagaż, który przy okazji rewidowano i najczęściej ograbiano z kosztowności i pieniędzy. Polaków ładowano jak bydło do zamkniętych wagonów, a po wywiezieniu do GG bardzo często wysadzano na małych stacyjkach lub w polu. Los wysiedleńców z Pomorza, Wielkopolski i Śląska, zwłaszcza gdy nie mieli oni rodziny ani znajomych w GG, był nadzwyczaj trudny, gdyż często nie mieli środków do życia. Część wywłaszczanych osób pozostawiano na miejscu i niejednokrotnie zatrudniano jako najemnych robotników w zakładach i gospodarstwach przejętych przez Niemców. Ogółem liczbę ludności polskiej wysiedlonej z ziem włączonych do Rzeszy w latach 1939-1942 szacuje się na około 860 tys. osób.

Miejsce wysiedlonych Polaków zajmowali koloniści niemieccy, którym oferowano za darmo ziemię i majątek zagrabiony wysiedleńcom. Władze hitlerowskie próbowały ściągnąć osadników niemieckich z państw bałtyckich, które w myśl porozumień z ZSRR wejść miały w obręb radzieckiej strefy interesów, z Europy Południowo-Wschodniej, a nawet z GG. Największa kolonizacja objęła Kraj Warty, czyli przedwojenne województwa poznańskie i łódzkie, jednak w niewielkim stopniu zmieniło to proporcje narodowościowe na tym terenie. Władze hitlerowskie uciekały się też do prób germanizacji ludności polskiej. W tym celu stworzono specjalną kategorię tzw. volksdeutschów. W marcu 1941 r. na terenach wcielonych do Rzeszy wprowadzono niemiecką listę narodową z podziałem na cztery grupy: 1. osoby występujące za czasów Polski czynnie na rzecz Niemiec, 2. osoby zachowujące się wówczas biernie, 3. ludność, która "rozpłynęła się" w żywiole polskim (np. współmałżonkowie Polaków, a także Kaszubi, Mazurzy i górale, którym hitlerowcy chcieli wmówić odrębność od narodu polskiego), 4. osoby spolonizowane. Szczególną presję do zapisywania się na listę wywierano na Polaków ze Śląska i Pomorza. Często stosowano przy tym jawne oszustwa: listę dawano do podpisu ludziom nie znającym niemieckiego, nie tłumacząc, o co chodzi; osobom, które nigdy się o to nie starały, przysyłano zawiadomienia, że ich podania o wpis zostały rozpatrzone pozytywnie; opornym grożono obozem, uwięzieniem, pozbawieniem pracy i kartek żywnościowych. Cała akcja miała na celu głównie zdobycie materiału ludzkiego do wojska. Rozpoczęto też akcję germanizacji dzieci polskich o "cechach rasy niemieckiej", bezdomnych lub odebranych rodzicom i wychowywanych przez Niemców lub instytucje hitlerowskie. Ich liczba jest dziś niemożliwa do ustalenia.

Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej ziemie wschodnie Rzeczypospolitej, a także rozległe obszary zachodniej części ZSRR znalazły się pod panowaniem Trzeciej Rzeszy. W lipcu 1941 r. rząd Niemiec ustanowił na zdobytych terenach nową organizację administracyjną. Utworzono specjalny okręg białostocki, który włączono do Rzeszy i podporządkowano gauleiterowi Prus Wschodnich Erichowi Kochowi. Dawne województwa stanisławowskie, tarnopolskie i część lwowskiego połączono w piąty dystrykt Generalnego Gubernatorstwa pod nazwą Galicja (Distrikt Galizien) ze stolicą we Lwowie. Województwo wołyńskie znalazło się w nowo powstałym Komisariacie Rzeszy Ukraina (Reichskommissariat Ukraine), podczas gdy wileńskie, nowogródzkie i poleskie włączono do Komisariatu Rzeszy Wschód (Reichskommissariat Ostland), obejmującego także Litwę, Łotwę i Estonię. Po wprowadzeniu nowego podziału administracyjnego prawie cały obszar przedwojennego państwa polskiego znalazł się pod panowaniem niemieckim.

O ile dotychczas oficjalne czynniki niemieckie nie negowały, że Generalne Gubernatorstwo ma być terenem zamieszkałym przez Polaków, o tyle na wiosnę i w lecie 1941 r. pogląd ten uległ zmianie. Jeszcze w trakcie przygotowań do ataku na ZSRR Hitler zdecydował, że GG ma się stać w ciągu 15-20 lat regionem zamieszkałym wyłącznie przez Niemców. W planach hitlerowskich zakładano, że 80-85% ludności polskiej, która przeżyje wojnę, zostanie wysiedlonych, resztę zamierzano natomiast wymordować lub zgermanizować. Na teren przyszłego osiedlenia Polaków po zwycięskiej wojnie z ZSRR przewidywano rozległe obszary zachodniej Syberii, gdzie zostaliby oni rozproszeni wśród autochtonów i zasymilowani. W ten sposób naród polski miał przestać istnieć. Z pełną realizacją tych założeń władze hitlerowskie czekały do zakończenia wojny ze Związkiem Radzieckim. Tymczasem jednak akcentowano rzekomo niemiecki charakter ziem GG. Zaczęto pisać o "niemieckim" Krakowie, Przemyślu i Tarnowie, a w 1942 r. obchodzono 600-lecie "niemieckiego Lublina". Prowadzono też badania mające na celu przygotowanie masowych wysiedleń w przyszłości. W ich toku powstało opracowanie znane jako Generalny Plan Wschodni (Generalplan Ost), który przewidywał usunięcie około 30-50 mln rdzennej ludności Polski, Litwy, Estonii, Białorusi, Leningradu, Krymu i Chersonia oraz niemiecką kolonizację tych terenów.

Wspólnym mianownikiem różnych środków polityki niemieckiej na okupowanych ziemiach polskich był terror. Służył on nie tylko odstraszaniu Polaków od podejmowania jakiejkolwiek działalności politycznej, kulturalnej lub ekonomicznej, sprzecznej z niezwykle szeroko rozumianym interesem Niemiec, lecz także fizycznej likwidacji najwartościowszych sił w społeczeństwie oraz eksploatacji gospodarczej ziem polskich.

Polityka terroru realizowana była w różny sposób: od pojedynczych aresztowań i egzekucji do ogromnych łapanek przypadkowych przechodniów, spośród których wybierano zakładników bądź wyszukiwano osoby podejrzane o działalność konspiracyjną, resztę zaś kierowano na przymusowe roboty lub do obozów koncentracyjnych. Jedną z pierwszych tego rodzaju akcji były łapanki przeprowadzone m.in. w Warszawie przed polskim Świętem Niepodległości 11.11.1939 r. Później obławy takie powtarzały się często i z dużym nasileniem.

Władze hitlerowskie nie zachowywały pozorów legalności swych działań. Egzekucje i transporty do obozów nie były poprzedzane normalną procedurą śledczą. Niemieckie sądy doraźne nie wymagały dochodzenia, możliwości obrony, a nawet obecności obwinionego czy też komunikowania "wyroku". Lista czynów zagrożonych sądem doraźnym była długa, przy czym nieograniczone możliwości interpretacyjne dawało sformułowanie: "Kto dopuszcza się czynu gwałtu przeciw Rzeszy Niemieckiej lub niemieckiej władzy zwierzchniej w Generalnym Gubernatorstwie, podlega karze śmierci". Inspiratorzy i pomocnicy karani byli jak sprawcy, a czyny pozostające w sferze projektów traktowano tak jak dokonane. "Prawo" to było szyderstwem ze sprawiedliwości. Szczególnie złowrogą rolę w realizacji polityki niemieckiej na terenie GG odegrali kolejni dowódcy SS i policji: generałowie SS Friedrich Krüger i Wilhelm Koppe, a także szef policji i służby bezpieczeństwa dystryktu warszawskiego, płk SS Josef Meisinger.

Pierwsza wielka fala terroru dotknęła jednak Polaków z ziem włączonych do Rzeszy. Dla zastraszenia ludności polskiej już w pierwszych tygodniach okupacji hitlerowcy rozstrzelali w wielu miastach po kilkunastu najwybitniejszych obywateli. Po wrześniowych egzekucjach w Bydgoszczy i Środzie nastąpiły dalsze: 3 października w Kościanie, 18 października w Gostyniu, 20 października w Kostrzynie, a potem również w Lesznie, Kaliszu, Inowrocławiu i wielu innych miastach. Poza egzekucjami publicznymi mordowano Polaków w katowniach gestapo i więzieniach śledczych, np. przy ul. Młyńskiej w Poznaniu. W Generalnym Gubernatorstwie pierwszą masową akcją eksterminacyjną było wymordowanie ponad 100 osób w Wawrze pod Warszawą w grudniu 1939 r. Od pierwszych miesięcy okupacji ponurą sławę zdobyło warszawskie więzienie na Pawiaku, przesłuchania w siedzibie gestapo w al. Szucha, więzienie Montelupich w Krakowie czy lubelski Zamek. Władze hitlerowskie starały się przede wszystkim ugodzić w najbardziej wykształcone warstwy społeczeństwa. Bezprecedensowym przykładem takiego działania było podstępne aresztowanie i wywiezienie do obozów koncentracyjnych w listopadzie 1939 r. 183 pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie, w tym 34 członków Polskiej Akademii Umiejętności i wielu światowej sławy uczonych.

Druga fala terroru miała miejsce w połowie 1940 r. pod kryptonimem "akcja AB". W jej trakcie kontynuowano systematyczne egzekucje setek wybitnych reprezentantów społeczeństwa polskiego w Puszczy Kampinoskiej. Hans Frank powiedział wówczas bez ogródek: "Wykrytych dotąd osobników z kręgu przywódców polskich należy likwidować, nowy narybek należy mieć na oku i w odpowiednim momencie usunąć". Egzekucjami w Puszczy Kampinoskiej kierował m.in. dowódca SS i policji dystryktu warszawskiego, gen. SS Paul Moder.

Władze hitlerowskie zaczęły też organizować na ziemiach polskich sieć obozów koncentracyjnych, podległych Głównemu Urzędowi Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA), kierowanemu przez Reichsführera SS Heinricha Himmlera. Obok zastraszenia społeczeństwa miały one służyć wyzyskaniu darmowej siły roboczej i grabieży mienia. Wielogodzinna, nierzadko bardzo ciężka praca przy głodowym wyżywieniu, braku ciepłej odzieży i pomocy lekarskiej, a także bestialstwie i sadyzmie dozorców, poniżających na każdym kroku godność ludzką więźniów - wszystko to prowadziło do ich szybkiego wymierania. Do pierwszych obozów założonych na ziemiach polskich należał obóz w Oświęcimiu (Auschwitz) uruchomiony w czerwcu 1940 r. pod komendą Rudolfa Hoessa, a także utworzone w 1941 r. obozy w Stutthofie i Treblince. Polaków wysyłano też do setek obozów koncentracyjnych w Niemczech, Austrii i innych krajach, m.in. do Dachau, Buchenwaldu, Sachsenhausen, Mauthausen czy strasznego obozu kobiecego w Ravensbrück.

Władze hitlerowskie stosowały ponadto różne pośrednie formy niszczenia polskiego życia społecznego i kulturalnego. Na terenie włączonym do Rzeszy zamknięto wszystkie szkoły wyższe i średnie, a w nielicznych pozostawionych szkołach elementarnych uczono Polaków języka niemieckiego i rachunków. Zlikwidowano prasę polską, a zbiory muzealne i biblioteczne albo spalono, albo wywieziono w głąb Niemiec. Trzebiono wszelkie ślady polskości - tablice i szyldy, nazwy polskich miast i wsi. Bydgoszcz przemianowano na Bromberg, Toruń - na Thorn, zaś Łódź na Litzmannstadt. Niszczono kościoły katolickie, zakazano modlitw i kazań w języku polskim. Księży polskich wywożono masowo do obozów, głównie do Dachau. Polakom zabroniono poruszania się po kraju; na odbycie podróży należało zdobyć specjalną przepustkę. Nagminne stało się poniżanie ludności polskiej pod byle pretekstem - obelgi, policzkowanie i poszturchiwanie. Życie codzienne Polaków na ziemiach wcielonych do Rzeszy stało się piekłem.

Tylko nieco lepiej wyglądała sytuacja w GG. Utrzymywano tu język polski i niektóre polskie instytucje, takie jak Polski Czerwony Krzyż, PKO czy organizacje charytatywne Rady Głównej Opiekuńczej, aparat skarbowy, niższą administrację i spółdzielczość. Wszystkie te placówki działały jednak pod ścisłym nadzorem władz okupacyjnych. Zamknięto wyższe uczelnie, szkoły średnie oraz teatry. Zlikwidowano prasę i wydawnictwa polskie z wyjątkiem prasy okupacyjnej w rodzaju "Nowego Kuriera Warszawskiego". Ludność GG mogła swobodnie zmieniać miejsce pobytu. Aby jednak odstraszyć Polaków od oporu wobec władz, stworzono największy w całej Europie aparat terroru, wymierzający karę śmierci za byle przekroczenie drakońskich przepisów. Całe GG pokryto siecią konfidentów rekrutowanych spośród mętów społecznych i volksdeutschów. Do pomocy administracji, policji, SS i gestapo ściągnięto także żandarmerię, straż graniczną (Grenzschutz), kolejową (Bahnschutz) i fabryczną (Werkschutz).

Na okupowanych ziemiach polskich Niemcy przejęli praktycznie pełną kontrolę nad życiem gospodarczym. Rząd Rzeszy skonfiskował całą własność państwa polskiego i instytucji publiczno-prawnych. Przedsiębiorstwa prywatne pozostały formalnie - zwłaszcza w GG - w rękach dotychczasowych właścicieli, ale ich administracja przeszła w ręce tzw. zarządców komisarycznych. W październiku 1939 r. utworzono Główny Urząd Powierniczy Wschód, któremu podporządkowano wszystkich zarządców. We wrześniu 1940 r. skonfiskowano cały majątek polski na ziemiach włączonych do Rzeszy. Większą własność rolną na ziemiach wcielonych przejęła spółka "Ostland", która na mocy rozporządzenia z lutego 1940 r. miała gospodarować na terenach rolnych i leśnych. Rozporządzeniem z września 1940 r. pozbawiono Polaków prawa własności ziemi. Gospodarkę rolną nadzorowali agronomowie niemieccy, którzy ustalali areał upraw, system płodozmianu, wielkość pogłowia itd. W GG własność rolną pozostawiono w dużej mierze nietkniętą. Niemniej na całym obszarze okupowanym nadwyżki produkcji ponad określone minimum należało odstawić okupantowi po bardzo niskich cenach. Możliwość sprzedaży części płodów rolnych na wolnym rynku była bardzo ograniczona: kontyngenty stale rosły, ściągano je w warunkach coraz większego terroru, a za nielegalny handel karano nawet śmiercią. Mimo to niedobór żywności w miastach skłaniał producentów i konsumentów do rozwijania na coraz większą skalę transakcji czarnorynkowych.

Na terenach włączonych w październiku i listopadzie 1939 r. zastąpiono złote polskie marką niemiecką, przy czym kurs wymiany ustalono na poziomie 2 złotych za markę, podczas gdy siła nabywcza obu walut kształtowała się odwrotnie. Przyniosło to ogromne straty Polakom posiadającym złote oraz gorączkowe wykupywanie przez Niemców towarów na Pomorzu, Śląsku i w Wielkopolsce. Posiadacze złotówek tracili dodatkowo, gdyż wymieniano do 500 zł na osobę, a nadwyżki ulegały konfiskacie. Wymiana oznaczała więc ograbienie społeczeństwa polskiego z ogromnej siły nabywczej. W GG pozostawiono przez jakiś czas obieg złotówkowy, lecz w styczniu 1940 r. dokonano analogicznej wymiany na nowe złote, która przyniosła podobne straty wszystkim posiadaczom dotychczasowej waluty.

Po 1941 r. hitlerowskie władze okupacyjne kontynuowały dotychczasowe kierunki polityki wobec społeczeństwa polskiego. Wielkie akcje wysiedleńcze objęły także ludność polską Generalnego Gubernatorstwa. W 1942 r. podjęta została próba germanizacji Zamojszczyzny. Wysiedlenia rozpoczęto w listopadzie 1942 r., a do sierpnia 1943 r. objęły 293 osady z 696 istniejących w okręgu zamojskim. Usunięto stąd około 150 tys. osób, z czego większość trafiła na roboty do Niemiec i do obozów koncentracyjnych. Część dzieci skierowano do specjalnych domów wychowawczych w Rzeszy, gdzie je niemczono, inne znalazły się w dziecięcych obozach koncentracyjnych, część natomiast uratowali z transportów mieszkańcy Warszawy i okolic.

Ponieważ dotychczasowe metody terroru nie wystarczały dla złamania społeczeństwa, okupanci stale rozszerzali zbrodniczy system odpowiedzialności zbiorowej. Jeżeli np. gdzieś zabity został Niemiec, w odwecie rozstrzeliwano zupełnie niewinnych przechodniów, okolicznych mieszkańców lub przetrzymywanych w więzieniach zakładników.

W dalszym ciągu trwała rozbudowa sieci obozów koncentracyjnych i obozów pracy na ziemiach polskich. Istniejące już obozy w Oświęcimiu (Auschwitz), Stutthofie i Treblince stale rozbudowywano, ponadto założono także obóz w Brzezince (Birkenau). W 1941 r. zorganizowano obóz na Majdanku pod Lublinem, gdzie trzymano początkowo jeńców radzieckich, a potem także Polaków i więźniów innych narodowości. Powstały obozy w Chełmnie nad Nerem, Sobiborze, Bełżcu i w około 200 innych miejscowościach. Jednym z głównych celów hitleryzmu była od początku zagłada Żydów, traktowanych przez ideologię nazistowską jako "podludzi". Już w styczniu 1940 r. skonfiskowano majątek nieruchomy i część ruchomego Żydów polskich. Od jesieni 1939 r. w większości miast polskich zaczęto tworzyć getta. Pierwsze z nich zostało utworzone w Piotrkowie Trybunalskim. W styczniu 1940 r. powstało getto łódzkie, a 25.11.1940 r. zamknięto półmilionowe już wówczas getto warszawskie. Stłoczeni w nieludzkich warunkach i pozbawieni środków do życia, Żydzi nie mogli opuszczać gett pod karą śmierci. Ponadto zostali skazani na śmierć głodową. Wobec około 2400 kalorii normy fizjologicznej dziennie, oficjalna racja żywnościowa na kartkach przyznawanych pracownikom-Żydom wynosiła zaledwie 184 kalorii, przy czym tylko 5% mieszkańców getta warszawskiego miało stałą pracę. W getcie warszawskim 50% zgonów było wynikiem głodu, szerzyły się też epidemie, głównie tyfus. Śmiertelność wzrosła kilkunastokrotnie w porównaniu z okresem międzywojennym. Mimo to władze hitlerowskie uważały, iż tempo wymierania Żydów jest zbyt powolne. Hans Frank stwierdził: "nad faktem, że skazujemy na śmierć głodową 1,2 mln Żydów, nie warto się dłużej rozwodzić. Jest rzeczą oczywistą, że jeśli Żydzi nie wymrą z głodu, to winno nastąpić (...) przyspieszenie antyżydowskich zarządzeń". W tym celu w kancelariach hitlerowskich decydentów trwały przygotowania do realizacji "ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej" (Endlösung der Judenfrage).

Wstępem do niej były masowe rozstrzeliwania Żydów na polskich ziemiach wschodnich, dokonywane przez grupy operacyjne policji bezpieczeństwa. Na wiosnę 1942 r. przystąpiono pod kierunkiem dowódcy SS i policji w Lublinie Odilo Globocnika oraz jego zwierzchnika w Berlinie, Reichsführera SS Heinricha Himmlera do likwidacji gett przez wywożenia ich mieszkańców do obozów zagłady, gdzie całe transporty uśmiercano w komorach gazowych, a zwłoki palono w krematoriach lub na stosach ułożonych pod gołym niebem. Przez obozy w Oświęcimiu, Treblince, Majdanku, Sobiborze, Bełżcu i innych miejscach przeszły setki tysięcy skazanych na zagładę Żydów polskich i przywożonych z innych krajów. Nie byli oni wciągani do ewidencji obozowej, lecz wprost z ramp kolejowych trafiali do komór gazowych. Olbrzymia akcja likwidacji getta warszawskiego rozpoczęła się w lipcu 1942 r. i trwała trzy miesiące. W tym czasie wywieziono stąd i wymordowano około 400 tys. osób. Dantejskie sceny rozegrały się podczas likwidacji gett w miastach wschodniej Polski, np. na ulicach Równego, w Dubnie, Drohobyczu i innych miastach. W Ponarach pod Wilnem wymordowano kilkadziesiąt tysięcy Żydów wileńskich. Na wiosnę 1943 r. zaczęto wywozić i mordować Żydów z Krakowa.

Ogółem w latach 1941-1943 zmarło z głodu lub zostało wymordowanych w bezprecedensowej akcji ludobójczej prawie 3 mln polskich Żydów. W obozach zagłady zlokalizowanych na ziemiach polskich zginęły też setki tysięcy Żydów przywiezionych tu z Włoch, Niemiec, Francji, Belgii, Holandii, Austrii i innych krajów. Przyczyną, dla której obozy te zostały utworzone w Polsce, był głównie fakt, że Polska była krajem o największej liczbie ludności żydowskiej w Europie, położonym w centrum obszaru okupowanego przez Trzecią Rzeszę, a odciętym od świata. Zmniejszało to problem transportów, a także skłaniało władze hitlerowskie do przypuszczeń, że zbrodnię da się ukryć.